＂自帝皇坐上皇金王座之後，再也沒有向他的子民說出過一句話。雖然那場判斷的浪頭已被打散，但河魯斯所造成的魚波仍影響著整個銀河系。
帝國政府陷入恐慌與絕望。人們不敢想像人類將何去何從，現今的狀態已不容他們繼續悲觀。失去首領的判軍雖潰逃，但整個帝國仍在熊熊燃燒。
河魯斯統一命令與約束的消失，使投靠混沌的叛徒變得更加瘋狂。異形勢力重新崛起，掠奪已遭破壞的人類殖民地。
帝國當務之急是建立適合當今時局的統治機構。精通政治的第十三軍團經援體，羅伯特·基里曼，建立了泰拉高領主議會。該議會由12人組成，代表已無法行走於人間的帝皇，管理帝國大小事物。基里曼本人也是首席議員，負責指揮剩餘的帝國軍隊。
為防止河魯斯悲劇重演，基里曼發起規模浩大的軍事改革。阿斯塔特盛典成為適用於所有中城派星際戰士部隊的軍事法典，規定不再以軍團形式存在，而是改組成約一千人的戰團單位。這樣可防止大規模叛變。
然而，改革遭到阻力。帝國之拳的原體羅格多恩拒絕拆分軍團，太空野狼與帝國之拳也不同意。灰騎士則支持極限戰士。阿斯塔特部隊之間的矛盾加劇。
泰拉的敬畏總管多恩最終屈服。新界軍與帝國海軍部隊也進行拆分，以防止凡人將領濫用軍力。沈叛廷成為獨立秘密警察組織，灰騎士則是專門反制混沌的特種部隊。"
自帝皇坐上皇金王座之後，便再也沒有向他的子民說出過任何一句話。雖然那場判斷的浪頭也被打散，但河魯斯所造成的魚波依然影響著整個銀河系。
恐慌於絕望的情緒蔓延於帝國政府之中。人們不敢想像在接下來的時代，人類將何去何從，而現今的狀態甚至不容他們繼續悲觀下去。雖然失去首領的判軍以事上潰逃，但整個帝國仍在熊熊燃燒。
沒有了河魯斯的統一命令與約束，那些投靠混沌的叛徒只會變得更加瘋狂與肆意妄為。同時一些異形勢力也開始重新崛起，這些外部種族撐著帝國內亂之際，開始大肆掠奪與柔力那些在反叛期間就已經遭到破壞的人類殖民地。
現在帝國的當務之急，便是重新建立起一個更加適合當今時局的統治機構。而重整帝國的重任，便落到了精通政治的第十三軍團經援體，羅伯特·基里曼身上。基里曼遵循曾經的帝國宰相英雄馬卡多的遺址，建立起了一個被稱為泰拉高領主議會的統治機構。
這個機構的人數被規定為了12人，他們將會代表已經無法行走於人間的帝皇，來管理帝國的大小事物。而基里曼本人也作為首席議員衛列其中，而且他還被授予了帝國統帥的頭銜，負責指揮剩餘的所有帝國軍隊。
為了不再讓河魯斯判斷的悲劇重演，基里曼在向著銀河系中的殘餘叛徒們發起追擊的同時，還開始了一場規模浩大的軍事改革。
在基里曼的推動下，阿斯塔特盛典頒布了這是一套由他本人所編寫的適用於所有中城派星際戰士部隊的軍事法典。裡面寄宿了從新兵招募到小隊戰術，甚至部隊管理與訓練的全新標準。
這套盛典規定阿斯塔特再也不能以軍團的形式存在，而是應該改組成大約一千人左右體量的戰團單位。那些從老部隊劃分出去的戰士，也會以每千人為標準，授予新的戰團名稱與編號。
基里曼號召現在所有的中城軍團都應該按照阿斯塔特盛典進行改革，這樣便可以從部隊建制上防止大規模叛變的再次發生。之後就算又出現某些新的戰士指揮官倒戈的情況，那他們也無法立刻就掉級上萬的超人軍力。
這樣的大改動勢必會遇到前所未有的阻力。其他原體們對於這套盛典的反應各不相同。帝國之拳的原體羅格多恩首先便站在了基里曼的對立面。多恩拒絕拆分自己的軍團並與極限戰士爆發了激烈的爭吵。這些爭吵甚至蔓延到了其他阿斯塔特部隊上。
太空野狼與帝國之拳一樣拒絕拆分軍團，而白色八恒與安亞守衛則選擇支持極限戰士。隨著原體們之間矛盾的逐漸擴大，全帝國上下又緊張了起來。
看著這些憤怒的巨人彷彿新基戰士之間的內戰又要爆發。當然這一情況最終並沒有發生。
作為泰拉的敬畏總管，多恩在一番民私苦想以後還是鬆口了。雖然不想承認，但是隨著河魯斯之亂的爆發，大遠征的時代確實已經結束了。現在新基戰士們能做的也只能是接受新的規則並繼續為帝皇服務。
而隨著多恩的屈服，其他反對派也大體上接受了這部阿斯塔的盛典，並以自己軍團的習俗進行的部分拆分。由此數十個新戰團被創建了起來。這已發生於大判斷之後的歷史世界被稱為二次建軍。從此以後這些脫離自己母團的新戰團們將獨立運行。他們會定時向帝國繳賴一部分的基因種子作為稅收，以便讓帝國來監控戰團的基因變異情況，以及利用這些上腳的基因種子來組建新戰團。
當阿斯塔特軍團改戰團工作正在進行時，曾經規模龐大的凡人輔助軍也開始進行拆分。從此以後這些英勇的凡人部隊將不再被直接歸於阿斯塔特指揮鏈中，他們被劃分為了單獨的新界軍與帝國海軍部隊。
在新的規劃中，新界軍指揮官就只能指揮自己手下的地面部隊，而海軍艦長也只能命令自己船上的水手。這也是為了防止一名背叛的凡人將領立刻就能命令一整隻龐大的太空與地面入侵力量的情況再次發生。
在這期間，馬卡多生前所規劃出的兩個新組織沈叛廷與灰騎士也成功組建了起來。沈叛廷是一個獨立於帝國其他部門運作的，有著高度權限的秘密警察組織。他們負責查明與消滅對於人類的任何潛在威脅，這些威脅包括其他種族的異形，來自亞空間的惡魔甚至是帝國內部的腐敗與叛變。
可以說除了帝皇本人以外，沒有人可以逃脫沈叛廷的監視。即使對象是一名新界戰士。而灰騎士雖然名義上是一個誕生於二次艦軍的編號為666號的新界戰士戰團，但本質上他們其實是一支專門用來反制混沌的特種部隊。
在接受了新界戰士全套基因改造的同時，每一名灰騎士還都是受過嚴苛訓練的靈能者。河魯斯判斷中無數實踐已經證明，來自亞空間的靈能便是對付混沌最有效的工具。除此之外，灰騎士們還裝備有大量的動力武器，能夠高效壓制任何形式的亞空間侵襲。而他們本身也隸屬於沈叛廷之中。
當沈叛廷的特工在調查一起混沌入侵並發現情況已經逐漸失控時，他們便會召喚灰騎士戰鬥部隊直接介入衝突，消滅惡魔本身以及他所留下的一切痕跡。
在現階段，沈叛廷由於是一個才剛剛成立的機構，他們的勢力分支還沒有發展得過於複雜與壯大。而且雖然現在帝皇已經沉默，但泰拉的統治階層依然有著原體作證，帝國也在緩慢的預核著內戰所造成的傷勢。
所以這一緊跟著河魯斯之亂的時光，也被稱為重生時代。而在重生時代中，與大規模的軍政改革同時進行的，便是中城原體們所領導的大清洗的開始。
相傳在帝皇坐上黃金王座之前所下達的最後一道命令，便是要中城者將叛徒們感入位於銀河系邊緣的巨型亞空間裂口恐懼之眼中。不管這條命令是否是帝皇本人所發布，但大清洗也確實是這樣進行的。
帝國軍隊在中城原體們的領導下，從泰拉開始向著全銀河發起了一場大規模的肅清戰爭。那些曾經在叛亂期間選擇投靠河魯斯的星球都受到了殘酷的鎮壓。期間爆發了一些非常血腥的衝突與反抗，但是對於現在的帝國來說這是必要的。他們已經通過無數生命的代價認識到混沌腐化的後果是何等的嚴重，所以哪怕是一絲一毫的背叛可能都會招來最嚴厲的審判。
特別是那些曾作為叛變軍團母星或者爭兵地的世界，以及與這場叛亂相關的地點如戴文、伊斯特凡等，這些特定的星球都遭到了帝國軍隊的毀滅性打擊。這樣的做法也延伸到了包括政府記錄在內的文字信息上，帝國將所有關於叛變軍團曾存在於這個體制中的所有痕跡都全部抹除了。
在大清洗期間，如野草一般的混沌入侵正在帝國全境反覆，而異形們也在那些疏於防範的世界周圍四略。在這樣一個動盪的時日裡，正是各位忠誠原體奮戰於前線的生意，鼓舞著殘破帝國的士氣。他們就如同帝皇所維持著的新劇光芒一般，依然在黑暗的亞空間中散說，從而讓人們還可以相信希望並沒有完全消失。
可是在接下來200年左右的時間中，包括帝國統帥基里曼在內的所有忠誠派基因原體，就都因為各種各樣的原因而消失在了帝國人民的視野中。最先離開的便是暗黑天使的基因原體，失亡萊恩艾爾莊森。在河魯斯之亂結束以後，萊恩回到了泰拉，看到父親的遭遇，失亡悲傷不已。
隨後他停留在泰拉完成的一部分事物，但很快便先行返回了自己的母親卡利班，去查看那些留守部隊的情況。但是當原體的艦隊到達自己的家園時，卻發現這裡的暗黑天使部隊已經判變了。這些墮落天使操縱著地面火炮對回歸的失亡艦隊發起了攻擊。憤怒的萊恩命令所有戰艦火力全開轟炸整個星球，而他自己則帶領著一小支部隊空降到了有著立場護盾保護的軍團修道院中，前去腳滅躲藏在裡面的叛徒手腦，誠釋自己心腹的指揮官奴色。這便是關於萊恩最後的記錄。
在他前往修道院不久，一場由混沌邪神所引發的亞空間風暴突然出現在了卡利班之上。然後這個星球便在艦隊打擊以及亞空間力量的雙重吹禪下開始破碎解體。只剩下那座有著立場護盾保護的修道院區域倖存。而當軌道上的支援部隊趕到修道院時，他們沒有找到基因原體的任何蹤跡。萊恩本人就這樣消失在了這場戰鬥之中。
後來暗黑天使們將這塊流存下來的星球殘騙，改造為了他們的基地與移動堡壘巨石。而為了保護第一軍團的榮耀，卡利班母星叛變的相關信息便成為了暗黑天使指示間最不可觸及的祕密。而消失的獅王傳說他現在正沉睡於卡利班巨石的最深處，當帝國再次需要時原體會舒適，並帶領暗黑天使再次開始一場偉大的戰鬥。
當河魯斯之亂結束時，暗壓守衛的重建工作已經完成。在基里曼作為帝國統帥頒布了拆分軍團的阿斯塔特聖典以後，基因原體克拉克斯也坦然接受了這要求。在經歷了兄弟之間的背叛後，他明白這樣的預防措施是必須的。
但是長久以來克拉克斯卻一直有著一個心結。大反叛中二法軍團通過滲透戰術，暗中破壞了暗壓守衛們用來培育新兵的基因組，並利用惡魔之血將一部分新兵變成了恐怖的畸形怪物。而原體則親自帶隊殺死了這些瘋狂的孩子。從此以後克拉克斯便改變了，他被屠殺自己子司的罪惡感所吞噬。
在大清洗開始不久，原體不堪精神上的重複，將自己所進的軍團要塞中長達一連的時間。誰也不知道基因原體到底思考了一些什麼，但最終他選擇悄然離開。克拉克斯獨自駕駛著飛船，進入了恐懼之眼中，並開始以異己之力追殺藏匿其中的叛變原體們。從此以後他再也沒有被帝國勢力所目擊到。克拉克斯所留下的最後話語便是：“自帝皇坐上黃金王座之後。”
作為泰拉的敬畏總管，多恩非常自責。當他最終接受了基里曼所提出的阿斯塔特聖典後，他覺得自己既辜負了帝皇，也辜負了自己的子士。原體從而更加狂熱地投入到戰鬥之中。在大清洗期間，多恩率領的帝國之拳與他的死對頭鋼鐵勇士的佩圖拉伯，在一顆名叫賽巴特斯4號的星球上展開了戰鬥。
根據情報，永恆要塞被認為是鋼鐵勇士軍團的重要堡壘，而佩圖拉伯本人據說躲藏在其中。然而，這卻只是鋼鐵勇士設下的一個陷阱，堡壘內並無實際存在。鋼鐵勇士的目的是誘騙帝國之拳進入殺戮公司的範圍，以消滅他們的有勝力量，進而羞辱多恩。
這場戰爭造成了帝國之拳慘重的傷亡，並在極限戰士援軍趕到時進一步惡化。佩圖拉伯突然將陣亡的忠誠派星際戰士的所有基因種子獻祭給混沌邪神，使其成功生出了魔獸，以此為混沌勢力效力。這場戰爭對帝國之拳的兵力造成了重大損失。
在塞巴特斯4號上的戰鬥結束後，多恩一直奮戰在對抗混沌的最前線。然而，在一場持續20多年的戰鬥中，多恩率領的部隊突襲了一艘名為蟹毒之劍的混沌戰艦，這也是多恩的最後記錄。在這場行動中，多恩消失了，帝國之拳後續部隊只找到了他被砍下的首長，而多恩本人的生死則成疑。
後來，這隻首長作為帝國之拳的戰團聖物，被存放於靜置立場之中，並被稱為多恩之手。
在叛亂結束後，查灰太可函支持著自己的兄弟基里曼的工作。在大清洗中，他率領白色八恒前往了母親巧格利斯所在的衙山新區，開始進行肅清行動。在那裡，他們不僅與叛徒戰鬥，還發現了一支敵對的黑暗凌主部隊。儘管最終白色八恒成功清理了新區內的所有敵人，但是在克魯西爾五號星球戰役中，原體可函在帶領著一隻部隊追擊逃亡的黑暗凌主時進入了該世界的一個網道入口，之後就再也沒有出來過。白巴指示們認為，自己的原體只是迷失在了網道之中，總有一天他會找到歸來的道路。
羅伯特·基里曼就像之前所說的，作為判斷結束後最精通政治的人，並且保有當時規模最大的星際戰士部隊的原體，他成為了帝國統帥。在軍政改革以及大清洗期間，基里曼的身影幾乎遍佈帝國各處。他讓政府機構重新恢復運轉，他又指揮著帝國軍隊親你敵人。在大清洗初期，當基里曼與阿爾法軍團在一顆名叫伊斯卡瑞多的世界進行交戰時，極限戰士以慘痛的代價斬殺了一名自稱是阿爾法瑞斯的基因原體。
但奇怪的是，阿爾法瑞斯應該早在荷魯斯判斷時期就被多恩所殺死了。所以一般推論證明被擊殺的原體應該是雙生原體中的歐米岡。但當基因之父被擊殺時，阿爾法軍團的阿斯塔特們卻並沒有任何的潰敗跡象，他們還是行動流暢只會明確，之後甚至還將極限戰士部隊擊退了。而在後來的帝國歷史中，刺客庭還會添加更多的關於阿爾法瑞斯的擊殺記錄。這支部隊就像古代神話中的九頭蛇一樣難以琢磨。
總之，在基里曼擔任帝國統帥期間，他除了盡力幫助著帝國恢復元氣以外，還預感到了人類未來命運的黑暗與迷茫。為此原體必須位於籌謀，他像一名年輕氣盛，但也特立獨行的機械叫技術神斧，安排下了兩件秘密的任務。一件事如果基里曼自己在未來的戰鬥中倒下，那麼這個技術神斧需要嘗試各種辦法將他救活。第二件便是，技術神斧要利用基里曼交與他的包含有全部20位基因原體遺傳物質樣本的裝置，研製出新一代更加強大的阿斯塔的戰士，來幫助這個前途越發灰暗的帝國度過難關。
在隨後的一萬年間，這名叫做貝利沙劉考爾的技術神斧便一直都在認真的旅行著自己與原體的諾言。而基里曼後來也終於在泰沙亞戰役的一場跳邦戰中，被已經變為惡魔王子的福格瑞姆用帶有色列毒藥的劍刃所計傷。基里曼在即將死亡以前，被藥劑師安放進了靜置立場中。由於沒有任何人能夠清除原體身上的混沌毒素，所以基里曼也只能以半死不活的狀態開始進行長眠。
當他倒下以後，領導帝國的責任也就全部都落到了泰拉的十二人議會身上。盧斯因為帝國的現狀而變得心煩意亂，他的太空野郎是最抗拒阿斯塔特聖典的軍團。面對基里曼的壓力，在二次艦軍中盧斯也只是分出了一個子團，而太空野郎本身的劍志則依然保存著大遠征時期的十二個大連的習俗。不過由於在河魯斯之亂中的消耗，他們的人數也遠沒有過去拉班龐大。
隨著大清洗的進行，看著其他原體兄弟們紛紛離去，郎王最終也開始了自己的行動。在基里曼陷入沉睡將近一百年以後，黎曼奴斯帶領著他的大部分私人衛隊成員離開了芬里斯，前往恐懼之眼中進行某項任務。離開之前，郎王只是向自己的戰士們宣告，終有一天他會回來比進行最後的戰鬥。相傳盧斯的這一行動是想在亞空間中尋找到救活帝皇的方法。
當原體離開以後，為了讓後來的戰士們記住這一世界，被盧斯從輕衛隊中單獨留下來的小郎彼約恩，每隔千百年的時間，便會給新人們講述郎王離開的故事。這一傳統就算在彼約恩進入無畏機甲以後，也沒有忘記。
最後我們要說的便是火龍之主沃卡。有人說火西伊對於阿斯塔的聖典也持有反對態度，但這並不是因為他們不想拆分自己的軍團，而是單純由於在伊斯特凡5號上的登陸場大屠殺中，第18軍團的傷亡太過慘重，以至於他們根本沒有人理可以來組建一支新的戰團。
在大清洗中，火西伊一直都在尋找著帝皇之子的首席藥祭師法比烏斯·拜爾的下落，因為深信善良的沃卡在看到泰拉攻防戰中，由這個叛徒向平民所做出的各種恐怖罪行後，便開始向其發起追捕。但最終這個如同毒蛇一樣狡猾的叛徒還是想辦法逃進了恐懼之眼中。後來沃卡在得知了他的兄弟黎曼·魯斯的選擇後，也在一個不明的時間點離開了自己的子嗣。
火龍之主只是說他會和魯斯一樣在最後之時歸來，但這並不是沃卡的最後記錄。在千年以後，當帝國遇到另一場重大危機時，他還會再次出現。而那就是另一個故事了。
現在雖然原體們都已全部消失，但是他們在這數百年間也有完成了大清洗的目標。那些分散於銀河之中正在各自逍遙的叛徒們都被趕進了恐懼之眼中，並且帝國軍隊還在這到亞空間裂口前的星球卡迪亞上部署了一支強大的軍事力量。這個世界將作為防禦恐懼之眼混沌入侵的一座堅固堡壘。
期間，中程原體們不單單與叛徒作戰，他們還再一次鎮壓了那些趁火打劫的異形種族。而帝國的政府機構也在基里曼的規劃下再次開始有效的運行。在這個重生時代中，人們驚奇的發現和平與繁榮已經又一次的降臨於了帝國之上。
在經過了一段平靜的時期後，人們甚至都已經開始忘記河魯士之亂所帶來的陰影。而這也是原體們所能做到的一切了。歷史的車輪將繼續轉動，在這御火重生的第32個千年，帝國的命運將徹底交給凡人來選擇。